mega6 다운로드

타임 트리 마법사: 실제로, timetree의 추정은 하나의 계통, 서 열 데이터 세트 및 제약 조건을 가진 교정 점을 제공 해야 하기 때문에 번거로울 수 있습니다. 이 프로세스를 단순화 하기 위해, 우리는 사용자가 직관적 인 단계별 그래픽 인터페이스를 통해 이러한 모든 입력을 제공 할 수 있도록 Timetree 마법사를 프로그래밍 했습니다. 그림 3A는 timetree 마법사의 순서도를 보여주며, 여기서 사용자는 타임 트리를 빌드하는 데 사용 하기 위한 시퀀스 정렬과 트리 토폴로지를 먼저 제공 합니다. MEGA6는 위상의 이름을 선형 데이터의 이름에 매핑하여 이러한 입력의 유효성을 검사 합니다. 토폴로지에 선형에 있는 시퀀스의 하위 집합이 포함 된 경우 MEGA는 자동으로 시퀀스 데이터의 하위 집합을 구성 합니다. 데이터의 추가 자동 하위 설정은 분석 기본 설정 대화 상자에서 제공 됩니다 (그림 3E 참조). 다음 단계에서 사용자는 트리 디스플레이의 개별 노드 (그림 3B)에서 포인트 앤 클릭 하 여 교정 포인트를 지정 하는 MEGA6에서 새로운 보정 편집기를 사용 하 여 교정 제약 조건을 제공 하는 옵션을가지고 있습니다. 드롭다운 목록에는 토폴로지의 가장 최근 공통 조상이 원하는 노드 (그림 3C) 및/또는 3)를 단순 형식으로 교정 제약 조건을 포함 하는 텍스트 파일을 업로드 하는 것을 의미 합니다 (그림 3D). 보정 제약 조건이 제공 되지 않으면 상대 시간 및 관련 통계 측정만이 MEGA6에 의해 생성 되지만, 사용자는 트리 탐색기에서 상대 시간을 포함 하는 timetree가 표시 되는 옵션을 지정할 수 있습니다. 캘리브레이션을 사용 하 여 상대 시간을 절대 시간으로 변환: RelTime 방법으로 생성 되는 상대적인 시간은 화석 또는 기타 정보에 기반한 단일 알려진 발산 시간 (교정 지점)이 있는 경우 절대 시간으로 직접 변환 될 수 있습니다. 사용할 수. 이 시설은 주어진 교정 포인트에서 계산 되는 글로벌 타임 팩터 (f)가 내부 노드 x에 대 한 ATx = f×ntx가 있는 절대 시간 (ATs)으로 모든 추정 시간을 변환 하는 MEGA6에 통합 되어 있습니다.

이 접근법은 Nt가 이미 실제 시간과 선형적으로 관련 되어 있는 것으로 표시 되어 있기 때문에 취해진 다 (타 무라 외. 2012). 그러나 연구원 들은 종종 하나 이상의 교정 지점에서 상한 및/또는 하 한에 대 한 정보와 함께 여러 교정 포인트를 사용 합니다. F를 추정할 때 이러한 제약 조건을 고려 하기 위해, 우리는 f의 추정값이 교정 제약 조건을 만족 하는 것의 추정치를 생성 하도록 RelTime 구현을 확장 했습니다. 이 경우 교정 제약 조건을 위반 하지 않는 f 값 범위가 있는 경우 해당 범위의 중간점이 f의 추정값이 됩니다. 하나 이상의 ATs가 교정 제약 조건 밖으로 떨어질 경우 f는 구속 조건 으로부터의 편차가 최소화 되도록 설정 됩니다. 이 경우 추정 ATs를 사용 하는 노드에 대 한 Nt는 교정 제약 조건을 만족 하도록 조정 되며,이는 문제가 되는 노드의 예상 ATs가 사용자가 지정한 최소 및 최대 제한 시간 사이에 놓이도록 합니다. 이러한 국세청에 대 한 조정은 표준 RelTime 알고리즘을 사용 하 여 트리의 다른 모든 국세청을 재귀적으로 다시 최적화 하는 것입니다. 그림 2는 트리 탐색기에서 95% 신뢰 구간이 각 노드 시간에 대해 표시 되는 절대 시간과 함께 timetree 디스플레이를 보여줍니다 (아래 참조). 메가의 다른 향상 된 기능: MEGA6의 새로운 timetree 시스템 외에도, 우리는 몇 가지 다른 유용한 개선 사항을 만들었습니다.

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